Căn cứ tình hình thực tế, địa hình, địa giới, quy mô các thôn cùng với phong trào hoạt động của một số thôn thiếu hiệu quả trong thực hiện nhiệm vụ chính trị của địa phương, do đó toàn xã có 1 thôn không đảm bảo điều kiện nên phải sáp nhập đó là thôn Nan Thanh sáp nhập vào thôn Vân Cù thành thôn mới Vân Cù – Nam Thanh;  do đó ngày 8/5/2019 UBND xã Hương Toàn phối hợp với các hội đoàn thể, các ngành tổ chức họp dân lần thứ 3 của hai thôn này để thông qua Dự thảo Đề án sáp nhập thôn.  Vì số hộ của thôn Nam Thanh chỉ chiếm 39,6% so với quy định tại điểm a, khoản 1, Điều 7a Thông tư 14/2018/TT-BNV ngày 03/12/2018. Thôn Vân Cù có diện tích tự nhiên 148,7 ha, với 399 hộ, 1.871 nhân khẩu và thôn Nam Thanh có diện tích tự nhiên 51,8ha, với 99 hộ, 527 nhân khẩu. Sau khi sáp nhập thôn Vân Cù – Nam Thanh có quy mô: diện tích tự nhiên 200,5 ha, với 498 hộ, 2.398 nhân khẩu.

Sau khi sắp xếp, sáp nhập, thành lập một số thôn mới thì xã Hương Toàn có 11/12 thôn giảm 01 thôn so với hiện tại, trong đó có 10 thôn giữ nguyên hiện trạng. Việc sắp xếp, sất nhập, thành lập một số thôn thuộc xã Hương Toàn là cần thiết và khách quan; phù hợp với quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội của xã liên quan đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt; việc sát nhập và thành lập một số thôn mới tạo điều kiện thuận lợi cho công tác quản lý nhà nước của chính quyền cơ sở và hoạt động của tổ chức cộng đồng các khu dân cư trên địa bàn; đảm bảo thực hiện tốt quy định và các tiêu chí về xây dựng nông thôn mới trên địa bàn xã.